История района уходит в далекое прошлое.

Со взятием Петром I в 1696 году крепости Азов, путь в Азовское море был открыт, но Черное море оставалось недоступным, а восточное побережье Азовского моря оставалось занятым враждебными ордами ногайцев. Обеспокоенная падением Азова Турция стала спешно укреплять Азовское побережье. В тесном содружестве с ногайцами турки строят в устье реки Протоки крепость Ачуев, а ногайцы на побережье моря строят сильную крепость под названием Ахтар-Бахтар (на месте нынешнего Приморско-Ахтарска). Местом для крепости они использовали возвышенность древнего городища.

Во время войны с Турцией в 1739 году на Кубань по побережью Азовского моря было послано 30-тысячное русское войско под командованием генерал-лейтенанта Дебриллия. Русские войска встретили упорное сопротивление со стороны ногайцев. Крепость Ахтар-Бахтар была окружена с суши и подоспевшей русской флотилией с моря. Крепость была взята. Ногайцы бежали в глубь Кубанских степей. Дальнейшему продвижению русских войск помешала сильная буря (18 сентября 1789 года), во время которой вышедшее из берегов море залило окрестности, от чего сильно пострадали русские войска.

При устройстве Суворовым второй линии укреплений по крепости Ахтар-Бахтар возник Ахтарский редут, в котором была размещена русская береговая охрана. С продвижением русских в глубь Северо-Западного Кавказа этот редут потерял значение и на его месте возникло небольшое рыбацкое поселение.

В 1793 году черноморские войсковые старшины забрали в свое ведение все рыболовные места по Азовскому побережью. На месте Ахтарского поселка образовался казачий курень Ахтари, который вскоре вырос в довольно большую станицу Приморско-Ахтарскую. Быстрому росту станицы способствовало проведение к ней железной дороги из Екатеринодара. Приморско-Ахтарский узел стал центром рыболовецких угодий. Здесь добывалась наиболее ценная рыба - рыбец и шемая, а зимой широко практиковался подледный лов судака.

С развитием рыбного промысла на Азовском побережье в Приморско-Ахтарскую прибыло много иногородних, которые в своем большинстве становились батраками у рыбопромышленников.

С 1880 года действуют порт и таможня. В 1884 году сооружается пристань с деревянным пирсом, а через пять лет французский предприниматель Луи Дрейфис открыл в Приморско-Ахтарске контору по вывозу хлеба за границу и начал строить зерновые склады. В 1881 году насчитывалось 2000 жителей, 300 домов и 43 торговые лавки.
Ежегодно собирались две ярмарки: Константиновская (25-30 мая) и Филипповская (10-11 октября). Действовали 3 школы, общество взаимного кредита, товарищество мелкого кредита, общественный приемный покой, 27 хлебных ссылок, 10 хлебопекарен, 138 торговых точек, типография, аптека, лимонадный завод, 3 черепично-кирпичных завода, 3 мукомольные мельницы и 2 маслобойни.

На территории города сохранился бункер, где с октября 1941 года по август 1942 года и с апреля 1943 по апрель 1944 года находился штаб Азовской военной Флотилии под командованием контр-адмирала Сергея Георгиевича Горшкова.

Гордость района - летчик-испытатель первых самолетов с реактивными двигателями, Герой Советского Союза Г.Я. Бахчиванджи, живший в станице Бриньковской Приморско-Ахтарского района; А.Ф. Крамаренко, который в годы Великой Отечественной войны повторил подвиг Александра Матросова.